У вас есть доступ разработчика к удаленной машине? Т.е., вы можете открыть порты?
Вы можете использовать простой сокет и удаленную оболочку для выполнения запросов (обе стороны могут быть Java, но все остальное будет делать).
Если у вас нет прав администратора, вы можете использовать SSH API для входа и выполнения сценария.
Если вы установили инструменты SQL на свой компьютер, вы все равно можете запустить их на удаленном компьютере (если он включен и, например, нет ограничений брандмауэра, но может потребоваться дополнительная настройка). С MySQL вы можете использовать что-то вроде этого:
mysql -u dbuser –h remote.host.name –p < script.sql
Вы даже можете сделать это из Java с помощью сценария, который вы связали.