Для перенаправления потоков System.out и System.err необходимо использовать функции System.setErr() и System.setOut().Они оба принимают PrintStream объект в качестве параметра.В Eclipse я склоняюсь к выводу этого в прокручиваемое текстовое представление, поэтому передайте эту мою модель, я уверен, что вы можете построить ее, чтобы вместо этого отправить ее в текстовый файл.