Не уверен насчет процесса установки, но даже если вы действительно удалите файлы .svn, вы не потеряете свою работу!
Когда вы извлекаете из SVN, процесс достаточно умен, чтобы не перекрывать файлы, которые отличаются от ваших локальных, поэтому у вас не должно возникнуть проблем. Когда вы синхронизируете, он обнаружит, что файлы отличаются от того, что зафиксировано, и попросит вас зафиксировать / объединить / разрешить конфликты.