Спасибо, Джордан и Линус, я написал:
command = require('iced-coffee-script/lib/coffee-script/command')
process.argv[2..]=['-o','lib','-c','src']
command.run()
Нерешенные проблемы: функция run
возвращается рано и обратного вызова для сообщения об ошибке нет: \