Нет, он не удаляет пакеты зависимостей:
$ pip install specloud
$ pip freeze
figleaf == 0.6.1
nose == 1.1.2
pinocchio == 0.3
specloud == 0.4.5
$ pip uninstall specloud
$ pip freeze
фиговый лист == 0.6.1
нос == 1.1.2
буратино == 0.3
Как видите, все пакеты все еще там, но не сам пакет specloud
.