В общем, без разницы, так как
$this->getDoctrine()->getRepository();
просто помощник для
$this->getDoctrine()->getEntityManager()->getRepository();
У вас может быть несколько менеджеров сущностей, и тогда будет небольшое отличие в получении репозитория от одного:
$this->getDoctrine()->getRepository($entityName, $enityManagerName);
$this->getDoctrine()->getEntityManager($entityManagerName)->getRepository($entityName);
Но опять же, никакой разницы в результате вы получите.
При прочих равных условиях я бы выбрал самую короткую.