Запуская новый экземпляр рабочей роли, вы получаете всю память и ЦП, доступные для этого размера экземпляра, по сравнению с созданием потоков, вы будете совместно использовать ресурсы одной роли для этого размера экземпляра.
Я бы сказал, что это также зависит от того, что вы обрабатываете.Кроме того, я думаю, что многопоточность или любая параллельная обработка имеет смысл, только когда вы используете экземпляр Medium и выше, где у вас есть 2 или более ядер.