Вы получите надлежащий контроль над T4, если включите генератор LINQ to SQL T4 в ответственность вашего шаблона.
Если я правильно понял, вы хотите сохранить поведение по умолчанию генератора .dbml, нотакже добавьте свой собственный.
Это выглядело немного "старым", и я некоторое время лично не использовал LINQ to SQL, но я использовал эту замену генератора T4 "как есть", который произвел эквивалентстандартного генератора .dbml.
https://github.com/damieng/L2ST4
Не уверен, что это актуально с версией VS 2010, но вы всегда можете сравнить стандартный сгенерированный код .dbml и этот вывод T4 ивнесите необходимые изменения для достижения идентичного результата.
Конечно, вы можете просто иметь несколько разных генераторов и просто запускать их с «Преобразовать все шаблоны», но, основываясь на вашем вопросе, вы хотите, чтобы генератор был подключенк файлу конкретного пользовательского инструмента.
Возможно, вы захотите проверить (если он вам уже не знаком) также T4 Toolbox https://github.com/olegsych/T4Toolbox that добавляет в файл пользовательский инструмент "T4ScriptFileGenerator".Он эффективно выполняет код T4 при изменении файла.