Следующее не дает прямого ответа о том, как добавлять или сохранять комментарии, но может помочь вам узнать, какое преобразование было использовано. По общему признанию, это немного странно, так что следите за другими ответами. Это первое, что пришло в голову.
Я не знаю, как сохранить комментарии от преобразований, но вы всегда можете вставить фиктивную настройку приложения для доставки информации. Приложение фактически не должно использовать это ни для чего = p
Здесь я вставил преобразование, предполагая, что его нет в основном файле web.config. Вы можете так же легко сделать Заменить.
<appSettings>
<add key="WhichTransformWasUsed" value="Production" xdt:Transform="Insert"/>
</appSettings>