Как вы сказали, Chrome позволяет это, в то время как IE9 блокирует это поведение по умолчанию ( fiddle ). Тем не менее, это выглядит как вполне законный ответ от блокировщика всплывающих окон. Я сомневаюсь, что большинство пользователей (или должны были бы) ожидать, что гиперссылка откроет два новых окна одновременно.
Тем не менее, ваши пользователи, безусловно, могут изменить свои настройки блокировщика всплывающих окон для IE, чтобы разрешить всплывающие окна с вашего сайта.
[Update]
Тестирование с таймаутом в window.open () , похоже, что это, безусловно, второе окно, которое подавляется независимо от того, является ли ссылка href или результатом window.open () ( скрипка ).