Я попросил обновить функцию для ClickOnce на MS Connect около шести месяцев назад, что позволило бы такое изменение. В моем случае мне хотелось иметь возможность публикации на двух разных серверах, однако я специально попросил несколько профилей публикации.
Ответ Microsoft был не тем, что я хотел, но они предоставили обходной путь. По сути, вам нужно будет создать два проекта, второй будет связан с первым, и вы сможете по своему усмотрению изменять параметры публикации второго проекта.
См. Мой MS Connect пост для получения более подробных инструкций. Я признаю, это не очень хороший ответ, но это, вероятно, самый простой вариант.