Вы, безусловно, можете попробовать драйверы MarkLogic, eXist, BaseX или Sedna XQJ, расположенные по адресу http://xqj.net
Было бы глупо использовать собственные API-интерфейсы поставщика, поскольку вы будете привязаны к конкретному поставщику базы данных, без повышения производительности.
Также вы можете попробовать проверить запись XQJ в Википедии для большей ясности:
http://en.wikipedia.org/wiki/XQuery_API_for_Java