Я бы оценил SQLBulkCopy в 10-100 раз быстрее, чем вставки, в зависимости от размера таблицы, поэтому компромисс стоит того.
Поскольку вы выполняете «значительную обработку» в своей DataTable, которая, без сомнения, требует времени и ресурсов, крошечные дополнительные издержки, связанные либо с использованием полного соединения вместо контекстного, либо с открытием совершенно нового соединения, являются небольшим цена, чтобы заплатить.