Вы можете выбрать файлы * .txt из списка через
txtFiles = allFiles(cellfun(@(c)(~isempty(strfind('.txt',c))),allFiles));
Конструкция ~ isempty (strfind ('. Txt', c)) возвращает true, если строка c содержит строку '.TXT и ложь в противном случае.Конструкция allFiles (...) возвращает массив ячеек только тех элементов массива ячеек allFiles, для которых конструкция cellfun возвращает true.