Может быть, ваше подключение к серверу SVN было сброшено, и ваш клиент автоматически восстановил его, что вызвало запрос вашего пароля? Если SVN-сервер реализован в виде PHP-модуля, возможно, существует некоторое время для ответа сервера на запросы клиента. Какой файл обновляется, когда вы сталкиваетесь с этой проблемой? Может быть, соединение сбрасывается при попытке обновить большой файл?