Как указано здесь разделитель тысяч зависит от локализованного форматирования.
Если этот параметр допускает разделитель тысяч, он будет напечатан с:
set decimal locale
set format y "%'g"
plot 1000*x
AnДругой вариант - установить ytic вручную ( см. здесь ), например:
set ytics ("5,000,000" 5000000, "10,000,000" 10000000, "15,000,000" 15000000, "20,000,000" 20000000, "25,000,000" 25000000)
plot[0:3] 10000000*x