Вы можете просто перейти с версии до изменения , сделать правильное переименование, а затем объединить это с транком.
Во время слияния вам, конечно, потребуется сообщить об изменении из «нового» каталога.
Таким образом, у вас есть история!
Или, если в журнале мало ревизий, вы можете получить патч из его модификации, вернуть модификацию в svn и вручную изменить патч для исключения операций удаления / создания.