Если ваш код плоский, вам нужно его переписать - как в github. Возможно, вам даже удастся найти автоформатор, но он будет зависеть от языка так же, как и маркер.
Если ваш код отображается только плоским, вам может понадобиться тег <pre>
вокруг него или установить свойство css white-space:pre
для окружающего элемента.