Если это слишком много, подождите, пока вы не попытаетесь получить графики из weka. Вернее попытаться. Недавно я завершил проект c # с использованием weka (алгоритм j48), и, поскольку мы запускаем weka.jar через ikvm, даже классификация файлов 5arb .arff занимает слишком много времени. Подводя итог, ваш код в порядке, но проблема заключается в использовании weka через ikvm.
Попробуйте создать отдельный поток и просто использовать weka в фоновом режиме, пока приложение делает что-то еще. Для графиков единственным вариантом является отдельное Java-приложение.