О журнале изменений, это зависит от того, хотите ли вы его опубликовать.
Например, для вас, как для разработчика, рекомендуется вносить каждое изменение кода в журнал изменений. Но конечные пользователи не нуждаются в такой подробной информации, им нужны только исправления или измененные / новые функции.
о нумерации версий; на самом деле нет одного правила об этом. Но, возможно, эта статья в Википедии может вам помочь.