google::protobuf::Message myMessage;
const google::protobuf::Descriptor * myDescriptor = myMessage.GetDescriptor();
const google::protobuf::FieldDescriptor * myField = myDescriptor->FindFieldByNumber(9001);
const google::protobuf::Reflection * myReflection = myMessage.GetReflection();
myReflection->SetInt32( &myMessage, myField, 7);
Очевидно, вам нужно изменить номер поля, тип поля и значение, которое вы хотите установить.