Анализ XML и запись в другой документ XML лучше всего выполнять с помощью JDOM. Тем не менее, группировка и усреднение будет болезненным с JDOM.
Вы также можете использовать JAXB для создания POJO из xml, затем выполнить усреднение и группировку на POJO, а затем перенаправить его с JAXB обратно в XML.
Если целевой XML имеет другую схему, чем исходный XML, и требуется преобразование между POJO, используйте dozer .