Прошло много времени, как я взломал хаки, но что-то вроде этого могло работать:
RegistryKey myKey = Registry.LocalMachine.OpenSubKey("SOFTWARE\\Company\\Compfolder", true);
if(myKey != null) {
myKey.SetValue("Deno", "1", RegistryValueKind.String);
myKey.Close();
}