Я использую следующий код для создания нескольких пакетов, управляемых автоинструментами (хотя все они создают «нормальные» двоичные файлы, а не «библиотеку библиотек»):
configure.ac:
AC_INIT(bigpackage, 1.0, bigpackage@email.org)
AM_INIT_AUTOMAKE
AC_CONFIG_FILES(Makefile)
AC_CONFIG_SUBDIRS([package1 package2 package3])
AC_OUTPUT
Makefile.am:
SUBDIRS = package1 package2 package3
Тогда все это можно настроить как обычно:
touch NEWS README AUTHORS ChangeLog
autoreconf -i
./configure
make
Не обязательно называть это «лучшим способом», но он работает и хорошо передает все флаги подпакетам.