Итак, вы хотите вернуть Комментарии "Если статус 'public' или ownerId равен $ loggedUserVarID", верно?
Обратите внимание, что если $ loggedUserVarID совпадает с владельцем, вас не волнует статус.
Проверьте построитель запросов и документы dql.Они довольно четко объясняют, как составить сложное в условиях.
То, что вы, вероятно, хотите, это что-то вроде:
$q = $this->em->createQueryBuilder()
->select('c')
->from('\Entities\Comments', 'c')
->join('c.users', 'u')
->where(
$qb->expr()->orX(
$qb->expr()->eq('status','public'),
$qb->expr()->eq('u.id',$loggedInUser)
)
)
->setParameter(1, $loggerUserVarID)
->getQuery();