Не FTP, но git - это надежная VCS, которая может использовать ssh и другие протоколы для отправки на ваш веб-сервер.
Лично я использую gitolite в качестве центральной точки для отправки своих изменений в каталог repos, и у меня есть отдельный скрипт rsync, который синхронизирует файлы между каталогом public_html и моей машиной для разработки.
Так что, если вы работаете в основном в * nix, проверьте git и rsync и, возможно, gitolite, если вам нужен детальный контроль доступа к базе кода.