Flash может быть сложным, когда дело доходит до проблем с z-index.По умолчанию swf будет отображаться поверх любого другого содержимого, занимающего то же место.Один из способов исправить это, настроив wmode вашего флеш-видео.Попробуйте добавить ?wmode=opaque
к URL-адресу видео YouTube, и оно будет лучше воспроизводиться с z-index.