Если вы используете встроенный сервер Jetty, просто создайте фильтр, который будет перехватывать запросы к файлу манифеста и добавлять новый заголовок. Или вы можете использовать сервлет для генерации файла манифеста. Или вы можете использовать флаг -noserver и установить заголовки в соответствии с документацией вашего сервера.
Есть много способов.