Другой вариант: libpam4j
Вот простой пример с libpam4j:
UnixUser user = null;
try {
user = new PAM("pam service").authenticate("username","password");
// authentication success
} catch (PAMException ex){
// authentication failed
}
Библиотека также доступна через maven:
<dependency>
<groupId>org.kohsuke</groupId>
<artifactId>libpam4j</artifactId>
<version>1.6</version>
</dependency>