Сначала я подумал, что вы должны настроить конфигурацию муравья или программы в вашей конфигурации [Инструменты -> Внешние инструменты]. Это не будет работать на индивидуальной основе.
Относительно того, чтобы делать это на индивидуальной основе, я не совсем уверен, сможете ли вы. Обычно цепочка инструментов проекта определяется выбранным вами типом проекта. То есть вы выбираете [New -> Java Project] и вам предоставляется конфигурация для настройки использования JRE и т. Д.
Итак, я подозреваю, что для выполнения того, что вы просите, для каждого проекта вам нужно создать новый шаблон проекта Eclipse. Это означает создание плагина для вашего нового типа проекта, который позволит вам сконфигурировать вашу среду, настроенную с помощью нужной вам цепочки инструментов.
Я не эксперт, но этот пост может быть полезен: Eclipse CDT - новый шаблон или "тип проекта" .