Существует две распространенные причины, по которым вы неожиданно получаете пустую базу данных:
Вы говорите '; create = true' и используете относительное имя базы данных, что означает, что вы даете Derby разрешение на создание новой базы данных, если она не существует, а затем ваш домашний каталог системы Derby меняется от запуска к запуску, так что вы в конечном итоге создаете новые копии базы данных каждый раз в разных текущих каталогах.
Вы используете другое имя пользователя при подключении к базе данных. Поскольку имя пользователя, к которому вы подключаетесь, неявно указывает схему, в которой находятся ваши таблицы, использование другого имени пользователя приводит к тому, что вы видите совершенно другой набор таблиц или, в зависимости от того, как вы на это смотрите, пустую базу данных.
Что касается jars и rars и тому подобного, крайне важно правильно управлять своим CLASSPATH. Вы должны иметь код Derby в CLASSPATH во время выполнения. Существует множество способов сделать это, поэтому вам нужно четко указать особенности вашей ситуации, чтобы другие могли оказать вам большую помощь.