Когда вы делаете коммит, не добавляйте этот файл:
git add classes/paypal.php
...
# don't add config/paypal.php
git commit
Перед фиксацией проверьте с помощью git status
, что вы не вносили никаких изменений в конфигурацию - если вы случайно сделали это, используйте git reset HEAD config/paypal.php
, чтобы удалить их.
(И что бы это ни стоило, это не имеет никакого отношения к тому факту, что вы используете этот репозиторий в качестве подмодуля.)