INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT DISTINCT st.col1, st.col2, st.col3
FROM source_table st
WHERE NOT EXISTS (SELECT 1
FROM target_table t2
WHERE t2.col1 = st.col1
AND t2.col2 = st.col2
AND t2.col3 = st.col3)
Если отличительные должны быть только в определенных столбцах (например, col1, col2), но вам нужно вставить все столбцы, вам, вероятно, понадобится некоторая производная таблица (ANSI SQL):
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT st.col1, st.col2, st.col3
FROM (
SELECT col1,
col2,
col3,
row_number() over (partition by col1, col2 order by col1, col2) as rn
FROM source_table
) st
WHERE st.rn = 1
AND NOT EXISTS (SELECT 1
FROM target_table t2
WHERE t2.col1 = st.col1
AND t2.col2 = st.col2)