Я думаю, что проблема, с которой вы столкнетесь, - это одновременный доступ к одному и тому же файлу.Если он все еще записывается, то вы не можете получить эксклюзивный доступ к файлу ... и нет никакой гарантии, что файл даже содержит какие-либо данные.Вы, вероятно, можете (ab) использовать этот факт, чтобы увидеть, действительно ли файл готов.
Попытка получить эксклюзивную блокировку для этого файла, и если это не удастся, это означает, что файл не был записанк.После того, как он имеет эксклюзивную блокировку, файл, вероятно, будет готов, и вы можете обработать его как вам угодно.
Посмотрите на java.nio.channels.FileLock и посмотрите, будет ли это работать для вас.(http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/java/nio/channels/FileLock.html)