У меня была похожая проблема (хотя я и не использовал Zend), и мне пришлось отключить автозагрузчик Propel и реализовать свой собственный. Возможно, если бы вы отключили автозагрузчик Propel и добавили сгенерированные каталоги моделей Propel к вашему пути включения, вы бы установили?
set_include_path(get_include_path().PATH_SEPARATOR."/path/to/Propel/models");
Propel::init("/path/to/propel_conf.php");
PropelAutoloader::unregister();
Вам может понадобиться добавить конфигурацию include_path где-нибудь еще, чтобы Zend использовал ее - извините, но я не знаком с этой стороной вещей.