Простой ответ - вы не можете удалить переменную.Это «особенность» C-API NetCDF и не является недостатком Scientific.IO.NetCDF или любых других модулей python netcdf.
Из официального руководства пользователя NetCDF: Атрибуты более динамичны, чем переменные или измерения;они могут быть удалены, а их тип, длина и значения могут быть изменены после их создания, тогда как интерфейс netCDF не позволяет удалять переменную или изменять ее тип или форму.
Проблема может быть решена косвенным образом, копируя все, кроме переменной-нарушителя, в новый файл NetCDF.