Согласно этой странице вам необходимо:
"В зависимости от ваших предпочтений, вы можете либо добавить переменные, необходимые для компиляции, непосредственно в вашу среду, либо использовать скрипт vcvars32.bat, чтобы установить их для вас. Обратите внимание, что вы должны компилировать из оболочки cygwin bash, чтобы использовать vcvars32 Сначала запустите оболочку DOS, затем запустите vcvars32.bat, затем запустите cygwin.bat из каталога, в который вы установили cygwin. Это можно ускорить, добавив каталог contacting в vcvars32 (где-то в \ Microsoft Visual Studio \ VC98 \ bin) и каталог, содержащий cygwin.bat по вашему пути. "