Разница есть в документации API. System.loadLibrary(String libname)
позволяет загружать из пути по умолчанию - Путь к библиотеке Java.
Другой System.load(String filename)
позволяет загрузить его по абсолютному пути, который необходимо указать в качестве имени файла.
Если вы не хотите связываться с переменной окружения java.library.path
, вы должны использовать System.load()