Я предполагаю, что класс GoogleDatastoreFixture этого устройства перехватывает операции Datastore на уровне модуля ext.db. Поскольку NDB имеет другой API, он нуждается в изменении. Возможно, вы можете добавить класс GoogleNdbFixture. Или, возможно, правильнее всего было бы перехватить вещи на более низком уровне - опять же, то, что вы могли бы обсудить с автором прибора и посмотреть, можете ли вы чем-то помочь.