Графики плотности, сравнивающие две колонки в R

Question

У меня есть матрица данных результатов Chip-seq, как это для 26000 генов

LncRNA_ID          LncRNA_Name       Control_Raw_TagCount ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
1        AK092525                             47908                  194887
2 ENST00000423879  RP11-12M5.1                10794                   90146
3        AF318349                              5514                   61617
4 ENST00000506392 CTC-313D10.1                  288                   40880
5 ENST00000438080 RP11-177A2.4                25005                   37380
6        AK123756                               800                   35469

Я хочу построить плотности счетчиков для обоих образцов, контроля и EZH2, то есть столбцов 3 и 4, чтобы сравнить их. Я использую R, и я очень сбит с толку, в основном потому, что я не могу отобразить их в виде гистограмм, я получаю одну фигуру только с одним столбцом, а не со всеми столбцами, которые я жду, то же самое, если мне интересно сделать блокпост , Возможно, это очень глупый вопрос, но я немного отчаялся

ezh2<-data$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
control<-data$Control_Raw_TagCount
hist(ezh2)# not working, i can't see distribution at all 

Есть ли у вас идеи сделать это?

Заранее спасибо

Answer 1

Рамочный график, где два столбца склеены, а затем разделены по группам:

N     <- length(d$Control_Raw_TagCount)
x     <- c(d$Control_Raw_TagCount, d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount)
group <- rep(c("Control_Raw_TagCount", "ICLIP_EZH2_Raw_TagCount"), c(N, N))
boxplot(x ~ group)

Здесь я предположил, что имя данных равно d, поэтому настройте его в соответствии с именем вашего фрейма данных.,Если вы хотите что-то наподобие полых гистограмм (см. Стр. 26 из Статистика OpenIntro ), функция histPlot в пакете openintro выполнит трюк, используя аргументы probability=TRUE, hollow=TRUE:

# install.packages("openintro")
library(openintro)
histPlot(d$Control_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE)
histPlot(d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE,
         lty=3, border='red')

Если вертикальный масштаб неправильный, добавьте аргумент ylim к первому вызову histPlot (например, ylim=c(0,0.05)).