Если вы можете сделать это воспроизводимым, во что бы то ни стало сообщите об ошибке
Вот мои два цента:
xxd -r > raw <<< "0000000: 4865 c582 c397 c3b8 0a He......."
cat raw # shows "Heł×ø" in UTF8 terminals
git init .
iconv -t UTF32BE raw > test
git commit -am nobom test
iconv -t UTF32 raw > test
git diff # reports: "Binary files a/test and b/test differ"
git commit -am bom test
Проверка наличия различных объектов:
git rev-list --objects --all
1d0cf0c1871a8743f947bd4582198db4fc1e72b1
c52c2a8c211a0031e01eef5d5121d5d0b4aabc40
4740254f8f52094afc131040afc80bb68265e78c
fd3c513224525b3ab94a2512cbbfa918793640eb test
2d9da153c5febf0425437395227381d3a4784154
2e54d36463fee81e89423d7d80ccc5d7003aba21 test
или, чуть более прямой
for h in $(git rev-list --all -- test); do git ls-tree $a; done
100644 blob 2e54d36463fee81e89423d7d80ccc5d7003aba21 test
100644 blob 2e54d36463fee81e89423d7d80ccc5d7003aba21 test
Это с git 1.7.4.1 на 64-битной Ubuntu
xxd test # no bom:
0000000: 0000 0048 0000 0065 0000 0142 0000 00d7 ...H...e...B....
0000010: 0000 00f8 0000 000a ........
xxd test # with bom
0000000: fffe 0000 4800 0000 6500 0000 4201 0000 ....H...e...B...
0000010: d700 0000 f800 0000 0a00 0000 ............