Обычно у вас есть два варианта:
<replace file="${APACHE_HOME}/conf/wc_server1.conf" >
<replacetoken><![CDATA[@Install_Base_Directory@]]></replacetoken>
<replacevalue><![CDATA[$InstallerBase]]></replacevalue>
</replace>
или, поскольку это только одна строка, используйте:
<replace file="${APACHE_HOME}/conf/wc_server1.conf"
token="@Install_Base_Directory@"
value="$InstallerBase" />