Включить вверху или внизу вашей страницы
<script src="<% Url.Content("~/Scripts/jquery-1.4.4.min.js")%>" type="text/javascript"></script>
Вы можете перетащить это из папки скриптов в пределах Visual Studio
Изменить: из вашего обновленного вопроса кажется, что вы уже выполнили это
Возможно, при обновлении страницы встроенный скрипт выполняется до того, как ваш jquery сможет загрузить.
Попробуйте переместить ссылки jquery внизу html, чуть выше закрывающего тега body.