Это распространенная проблема, с которой сталкиваются люди с 32-разрядным Internet Explorer в 64-разрядных операционных системах Windows. Это связано с блокировщиком всплывающих окон, и даже если он отключен в Internet Explorer, он не отключит его полностью для 32-разрядного IE, поэтому иногда требуется взлом реестра.
У меня была похожая проблема, и я решил эту проблему, больше не используя window.open! Нет проблем с вашим кодом - это проблема с Internet Explorer (но что еще нового?).