Они оба разные. APC - это локальный машинный кеш, специфичный для PHP, а memcached - распределенный кеш для нескольких компьютеров. Если вы пытаетесь масштабировать свои программы, часто рекомендуется использовать memcached. Если вы разрабатываете для одного сервера, то APC подойдет вам лучше.
Я лично предпочитаю комбинацию обоих.