Цитировать MSDN :
Ссылка на окно автоматически добавляется в Windows, как только окно создается в потоке пользовательского интерфейса (UI); окна, созданные рабочими потоками, не добавляются. Ссылка на окно автоматически удаляется после обработки события закрытия и до возникновения события закрытия.
По умолчанию первый элемент, добавленный в свойство Windows, становится MainWindow.
Это свойство доступно только из потока, создавшего объект Application.
Таким образом, кажется, что окна, созданные рабочими потоками, не сохраняются ни в одной коллекции автоматически. Я предполагаю, что вы создаете это окно в рабочем потоке - поэтому вам следует сохранить ссылку на него для последующего доступа (вы можете сделать это в конструкторе Windows, добавив this
в некоторый класс оконного менеджера)