Возможно, какая-то особенность вашего провайдера контроля версий.
Лично мне нравится включать все (нестандартное), необходимое для построения решения в SVN.
Для AjaxControlToolkit я использую Nuget.exe, packages.config, содержащий строку, относящуюся к определенной версии AjaxControlToolkit, и событие предварительной сборки для автоматизации загрузки правильной версии инструментария непосредственно перед сборкой.
Таким образом, вы можете привязать конкретную ревизию вашей работы в системе контроля версий к определенной версии инструментария, не проверяя двоичные файлы в системе контроля версий (плохая практика).