Я полчаса искал все варианты, но не могу найти; поиск в Google также подводит меня в данный момент. Это на Netbeans 6.0.1
Инструменты> параметры> выделение> выделение строки каретки: [изменить фон на унаследованный]
Снимок экрана: http://d.pr/wZpr