Я бы попытался переосмыслить ваш дизайн.
Вместо того, чтобы пытаться загружать "другие приложения WPF", было бы гораздо проще загрузить Windows или, возможно, даже лучше, UserControls из других сборок (проектов)./ solutions) и отображать их непосредственно в вашем приложении.
Такая расширяемость может быть довольно легко реализована с помощью MEF , встроенного в платформу.Это позволит вам определять контракты, которые можно динамически загружать в ваше основное приложение и использовать для создания необходимых функций.