Вы можете установить разные прослушиватели для каждого или проверить источник события
Object source = event.getSource() // -- I think this is the right syntax
if (source instanceof JCheckBox) {
JCheckBox cb = (JCheckBox)source;
if (cb.getText().equals("Checkbox 1") {
} else if (cb.getText().equals("Checkbox 2")){
}
}
альтернативно, вы можете переопределить класс JCheckBox для каждого флажка и просто проверить источник, если он есть.